Si está utilizando la versión moderna de esos idiomas, no mucho en términos de lo que hacen. Hay algunas pequeñas ventajas, como Java / Scala, que es más rápido para sitios web con un uso intensivo (la JVM es muy difícil) y JavaScript es ideal para sitios web con grandes operaciones de E / S. JavaScript tiene otra dulce ventaja: puede usar el mismo JS para realizar operaciones en el servidor que en el cliente.
Pero realmente, todos ellos funcionan igual. Primero, a menos que seas masoquista, no escribes el backend en el idioma mismo. Por lo general, utiliza un marco que hace todo el trabajo pesado. Node usa Express, Python tiene Django, PHP tiene Laravel, ASP tiene MVC5 y Ruby tiene Ruby on Rails.
En segundo lugar, cada uno de estos marcos viene con varios pros y contras, y de ninguna manera son los únicos marcos existentes. Pero lo que todos hacen es manejar cosas como migraciones de bases de datos, seguridad y procesamiento de formularios, rutas, enlaces de plantillas, aplicación de patrones de diseño MVC, etc.
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Dado que gran parte de la web implica hacer la misma tarea una y otra vez y dado que estos marcos generalmente lo hacen por usted, la pregunta generalmente es qué idioma le gusta más y cuál puede encontrar más fácilmente a las personas que programan en él.