¿Cómo puede cobrar el pago en una aplicación HTML5 (en la tienda de aplicaciones) para iOS y Android?

iOS: como usted dijo, Apple no permite usar IAP para servicios que se consumirán fuera de la aplicación.
Significa que debe usar un servicio de pago diferente.

Android: las reglas de Android Market son menos claras y no se aplican realmente. Lo que sucede con Android es que hay muchos mercados disponibles y puede distribuir la misma aplicación a través de diferentes mercados con diferentes reglas.
Por lo tanto, en este momento no tiene problemas para distribuir una aplicación de Android en todos los mercados que conozco con su propio servicio en la aplicación.

Ahora con respecto a los pagos HTML5
Dado que está utilizando Phone Gap, Phone Gap es una aplicación nativa que envuelve el código HTML5, por lo que puede usar el SDK nativo de pago en la aplicación.
La integración del SDK nativo en la brecha telefónica es posible.

Como CTO de ZooZ, le recomiendo que consulte nuestro servicio y vea si cumple con sus requisitos de pago. (http://www.zooz.com)
Tenemos varias aplicaciones tanto en Android como en iOS que están disponibles a través de las tiendas de aplicaciones y utilizamos nuestra plataforma SaaS de compra en la aplicación. Por lo tanto, tenemos experiencia en el lanzamiento de aplicaciones con diferentes pagos integrados en la aplicación que el SO IAP específico.

Por supuesto, hay algunos otros paquetes que le permiten este servicio.

Desde el punto de vista del fundador de la web SaaS, vemos la aplicación html5 como un bono, una opción de pago.

Por lo tanto, los usuarios web agregarán la opción y se les facturará en la web para obtener acceso a la versión del teléfono.

Pero esto solo funciona si su negocio se basa en la web desde el principio.

En ambas plataformas, no puede optar por IAP a través de su propio sistema de pago, pero puede proporcionar su propio sistema de pago para todos los demás fines.