Dividir el desarrollo en archivos separados es probablemente mejor que tener todo el desastre en un solo archivo. Pero todos los archivos estarían en el mismo servidor (o en varios servidores si está utilizando una red de entrega de contenido).
Poner el código del lado del servidor en una computadora y el código del lado del cliente en otra computadora es mucho más eficiente. Necesita código para el back-end para obtener el front-end, para enviarlo al cliente (o código para redirigir a un archivo en particular en la “computadora front-end”) que no necesita si todos los archivos son atendidos por un servidor único (Incluso una llamada API o una llamada curl es más código, lo que significa más tiempo para desarrollar y depurar, y más posibilidades de errores).
Mezcla el código de front-end y back-end en un solo archivo, a menos que sea necesario (el código de front-end no se ejecutará en el servidor, por lo que el código de back-end debe acceder a la base de datos en el lado del servidor, luego crear el front-end -el código final con los datos que se recuperaron) no es una buena idea, pero en qué computadora se encuentran sus archivos HTML, CSS y, por ejemplo, PHP, es una cuestión diferente.
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Tener 2 servidores no significa tener 2 computadoras (puede instalar 2 copias de, por ejemplo, Apache, en la misma computadora, escuchando en diferentes puertos), pero si va a instalarlas en 2 computadoras, por supuesto, se duplica no solo el costo de comprar las computadoras, sino también ejecutarlas y mantenerlas (incluidas las copias de seguridad externas). Y si vas a usar un CDN, eso significa duplicar ese costo también.