Como HTML es un subconjunto de XML (o al menos XHTML es), cualquier cosa que funcione en HTML funcionará en XML. Si tiene acceso a un tiempo de ejecución JS, puede usar cualquier biblioteca que le permita usar un contexto y operar en el documento para que la manipulación DOM funcione en un documento XML. Anteriormente he usado jquery para construir un IDE de diagrama de flujo de base SVG en línea y todo lo que hice fue decirle a jquery que debería usar mi raíz SVG en lugar de la raíz del documento para mejorar el rendimiento (jquery no es rápido, pero es muy conveniente). Si no tiene acceso a JS o no desea usarlo, recomendaría Beautiful Soup Documentation, que es una biblioteca basada en Python que hace las cosas súper fáciles.
Sin embargo, XML está diseñado para tener una estructura muy estricta y consistente (especialmente si está utilizando SOAP), por lo que quizás sea mejor usar un lenguaje estáticamente tipado y analizar todo el documento XML y luego interactuar con el árbol de objetos resultante. He tenido éxito al hacer esto usando The Go Programming Language y Java y Python (no estático, pero la misma idea), aunque no recuerdo cuáles eran las bibliotecas que usé. Hay tutoriales en Java XML Tutorial y Python XML Processing que parecen ser lo que quieres.
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