Creo que lo que debes hacer es configurar un intérprete. Mientras crea un nuevo proyecto django, seleccione ese intérprete.
Lo siguiente se copia de Stack Overflow
http://stackoverflow.com/questions/21504617/how-do-i-tell-aptana-studio-to-use-python-virtualenv
Configure el intérprete de Python de Aptana Studio (puede configurar más de uno)
En aptana, Ventana -> Preferencias -> Intérprete Python y crea un nuevo intérprete. Seleccione el ejecutable de Python desde el entorno virtual (en Windows es python.exe que reside en el subfoler Scripts de virtualenv, mientras que en ubuntu `python` está debajo de la subcarpeta bin). Ahora Aptana mostrará una lista de directorios para agregar, también recuerde verificar C: \ Python27 \ Lib o Ubuntu conterpart (lib \).
Ahora en la creación, use este intérprete.
O si se usa con un proyecto existente
Paso 1.Tome las propiedades del proyecto (Archivo -> Propiedades O haciendo clic derecho en Proyecto).
Paso 2. Desde PyDev Interpreter / Grammer seleccione el intérprete que configuró anteriormente.
Editar:
De esta manera, incluso puede configurar Python 3 y Python 2 para Aptana. Debe configurar un intérprete para cada python 3 y python 2. Luego, siga los pasos anteriores para seleccionar el intérprete.
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