¿Cuáles son las principales reglas que debo seguir para crear un sitio web que sea muy legible en general y agradable de leer en la oscuridad?

La tipografía es tu amiga. Una buena elección de fuente, tamaño de texto y color de texto será de gran ayuda.
Este artículo está más orientado a presentaciones, pero por lo que está preguntando, creo que tiene una alta aplicabilidad: 5 consejos de tipografía para cada presentador
En general, las fuentes sans-serif se consideran más legibles en una pantalla.

El buen uso del espacio en blanco también es crítico: dejar suficiente espacio entre el contenido aumenta significativamente la legibilidad. Aquí hay un buen artículo para leer sobre ese tema: Espacio en blanco: el elemento de diseño infrautilizado.

Cuando se trata de color, busca un contraste bastante alto, pero no tanto que lastime los ojos del lector. Puede usar The Color Scheme Designer para ayudar a guiar sus decisiones de color. Tiene muchas características útiles, incluida la sección de “ajuste fino” que le permite aumentar el contraste entre el fondo y el color del texto, entre otros ajustes, produciendo un esquema de color que logrará lo que está buscando hacer.

Cuando se trata de leer en la oscuridad, tiene limitaciones debido a la forma en que los usuarios a menudo controlan sus propios dispositivos en estas situaciones, como f.lux, una herramienta que cambia la configuración de la pantalla para evitar la fatiga visual en la noche.
Sin embargo, puede ayudar al mantenerse alejado de contrastes muy marcados o colores muy potentes (por ejemplo, sin rojos brillantes, sin negro sobre blanco).

Experimente también en múltiples dispositivos en los escenarios que espera y vea a qué conclusiones llega. Conoces mejor a tu audiencia.