Gracias por la solicitud de respuesta.
No hay una respuesta a esta pregunta, ya que creo que la pregunta es demasiado amplia para decidir en qué sentido te refieres a la mejor manera.
Si su inquietud solo está relacionada con la elección entre nativo versus híbrido, diría que la mejor manera de desarrollar aplicaciones es usar el conocimiento que tiene relacionado con el lenguaje de programación y usar las herramientas con las que está familiarizado para comenzar.
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Si conoce el idioma nativo (java / kotlin para Android) (Objective-C / Swift para iOS). Si conoce javascript, c #, también puede usar herramientas híbridas.
Los nativos son mejores si puedes codificarlos, pero eso no te limita a desarrollarte en los idiomas que conoces. Si tiene más dependencia de hardware y necesita utilizar muchas funciones nativas del dispositivo (bluetooth, sensores, etc.) nativas, son buenas en términos de facilidad de implementación.
Para cada elección que haga, hay toneladas de guías de mejores prácticas disponibles y siempre puede seguir proyectos de código abierto para saber de qué manera los desarrolladores de la comunidad están resolviendo un problema en particular.
Enumeré algunos de los consejos para desarrollar una aplicación móvil exitosa aquí.