Realmente no estoy seguro de qué preguntas aquí.
Si otras personas pueden ver el repositorio de código en el servidor (si otra persona además de usted tiene acceso al código sin procesar), entonces no hay forma de proteger el código.
Si desea proteger el código del cliente, puede usar algún servidor de ensayo que sirva a su aplicación mientras la mejora / desarrolla.
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De esa forma, el cliente podrá ver la aplicación y el código HTML generado, pero no el código PHP detrás de él.
No programo con PHP, pero el principio es casi el mismo.
- Configura su propio entorno local, que puede ser su máquina, caja de vagabundo o una imagen Docker
- Cree un repositorio SVN, Git o Mercurial en el que residirá su código.
- Conecte su repositorio local con el servidor provisional que servirá ese repositorio
- Cuando esté satisfecho con los cambios, empújelos a su entorno de producción.