Para las aplicaciones de iOS, debe aprender el Objetivo C. A partir de iOS8 puede usar un lenguaje relativamente simple llamado Swift. No estoy seguro de si puedes hacer la aplicación iOS7 con Swift. También puede codificar en C o C ++ en iOS.
Para Windows Phone, puede usar cualquier lenguaje compatible con .Net. La elección principal es C # + XAML. También puedes usar VB + XAML. Otra opción popular es HTML + CSS + JS. Si está haciendo un juego, puede considerar C ++ con Direct3D y XAML. No hay inconveniente en elegir cualquier idioma, ya que obtendrá el mismo conjunto de API en los cuatro.
Hay otro método de desarrollo de aplicaciones que se llama desarrollo multiplataforma, en el que codifica una vez en un solo idioma y puede usarlo para crear aplicaciones para diferentes plataformas.
Por ejemplo, puede usar el combo HTML / CSS / JS para crear aplicaciones en Cordova / Phonegap y puede construir el código para Android, iOS, Windows Phone y muchas otras plataformas.
Si te gusta C #, puedes usar Xamarin para desarrollar aplicaciones para Android, iOS y Windows Phone.
Si eres un nerd de C ++, puedes usar Marmalade SDK para desarrollar aplicaciones para toda la plataforma móvil (incluidos BB10 y Tizen). También puedes hacer juegos en Cocos2D-x usando C ++.
Puede usar C #, JS o BooScript (derivado de Python) para crear juegos con Unity3D.
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Las herramientas multiplataforma tienen varios inconvenientes y una curva de aprendizaje un poco más larga, por lo que recomendaría no hacerlo si recién está comenzando.