Depende de lo que estés buscando y de lo que estés haciendo. Si necesita la capacidad de seleccionar fácilmente los elementos DOM, es difícil vencer a JQuery. El problema de usarlo solo por esta razón es una gran cantidad de código innecesario por una razón relativamente pequeña. Pero para la mayoría de los escenarios, el peso no será un problema, y es difícil ignorar las capacidades del navegador cruzado y la infinidad de otros métodos útiles dentro de JQuery para después de que se haya realizado la selección.
Para la animación, mucho mejor que la mejor solución es la animación Greensock TweenLite y TweenMax y las bibliotecas de línea de tiempo. Ligero, flexible, una gran selección de animaciones infinitamente personalizables, fácilmente instanciadas y mucho más rápido que las animaciones JQuery o las animaciones CSS3 por sí mismas. Para más información ver Greensock.com.
Si puede salirse con el uso de JavaScript de vainilla para sus selecciones, hágalo. Pero para la mayoría de las situaciones que involucran sitios web estándar, use greensock para sus animaciones y JQuery para selecciones, implementaciones de Ajax, alteraciones de atributos, etc.
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