No estoy familiarizado con esa herramienta en particular o lo que está tratando de lograr. Si está trabajando con un genoma conocido, le sugiero que consulte las predicciones NONCODE (Página en noncode.org) o evoFold UCSC Genome Browser Home) basadas en MSA.
Si quisiera extender la red un poco más o tratar con un genoma novedoso, sugeriría extraer las alineaciones de semillas de NONCODE, EvoFold y Rfam (Rfam: página de inicio) y ejecutarlas contra sus secuencias usando Infernal (Infernal: inferencia de Alineaciones de ARN), RSEARCH, etc. Esto le permite ajustar los distintos parámetros del modelo usted mismo y aumentar la sensibilidad más allá de lo que normalmente se usa para una exploración de todo el genoma.
Finalmente, si está buscando clases de ncRNA no vistas hasta ahora, sugeriría usar mFold, sFold, PKNOTs, P-DCfold, etc. para predecir un conjunto de estructuras MFE, y luego compararlas con estructuras conocidas usando RNA-SC o similar .
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¡Buena suerte!
