Depende de lo que consideres más difícil.
De alguna manera, las aplicaciones móviles son más restrictivas que la frontera salvaje de las aplicaciones web. Con eso quiero decir que hay más estándares sobre cómo deberían verse y funcionar en cada plataforma. Por lo tanto, hay menos cosas en las que tienes que pensar y resolver. Y si utiliza un marco (supongo que estamos hablando de aplicaciones híbridas que utilizan tecnologías web), muchas cosas ya están hechas para usted.
En otras formas, las aplicaciones móviles son más restrictivas. Lo que puede dificultar que funcione perfectamente y que haga lo que quiera.
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Personalmente, encuentro que crear aplicaciones móviles usando cosas como Ionic Framework con Angular es más fácil y más divertido que las aplicaciones basadas en web normales. Pero, de nuevo, puede usar casi el mismo código exacto en ambos de todos modos en estos días.
Si ahora hace aplicaciones web normales, no tendrá dificultades para realizar la transición a aplicaciones móviles. Hazlo ahora porque así van las cosas.
