Si alguno de los dos fuera a hacerlo, sería TypeScript, ya que las anotaciones de tipo hacen que JavaScript sea mucho más fácil de escalar y el motor de inferencia de tipos facilita el desarrollo.
CoffeeScript no lo veo como reemplazo de JS para proyectos grandes. CS es bueno para cuando quieres escribir una aplicación rápida y sucia.
Pero ninguno de estos lenguajes reemplazará la escritura de código JavaScript, porque agregan otra capa de complejidad. Para escribir un proyecto en TypeScript, por ejemplo, su equipo de desarrollo necesitaría conocer ES6 y la sintaxis adicional de los tipos, interfaces, tipos de unión, etc. de TypeScript.
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En la industria, cuando el tiempo es un factor, tiende a querer evitar cosas que agregan otra capa de complejidad. Una gran razón es que reduce la cantidad de desarrolladores que pueden agregar a su código heredado, ya que las habilidades necesarias serían aún más especializadas.
El único cargador de preprocesamiento de JavaScript que veo que realmente reemplaza a la escritura simple de ES5 es Babel, ya que ES6 es estándar con Node de todos modos.
