Ahora tengo mi aplicación web completa, escrita en HTML, CSS y JavaScript. Actualmente es un archivo de escritorio. ¿Cuáles son los siguientes pasos? ¿Cómo hago para crear el lado del servidor?

Para responder necesita saber más sobre la aplicación web. ¿Desea tener datos dinámicos almacenados en el servidor? ¿Tiene datos asociados con los usuarios? Depende de que el requisito del lado del servidor vaya a cambiar.

Si su aplicación no requiere almacenar ningún dato, simplemente puede cargar los archivos al servidor y funcionará como si funcionara localmente. Si desea ampliar la aplicación para mantener el estado y tener el estado almacenado, debe implementar el lado del servidor.

Por favor envíeme un mensaje si necesita más ayuda sobre esto.

Como lo considera completo, supongo que no necesita información dinámica proveniente de un servidor en su aplicación. Puede ser que no requiera que almacene ningún dato en el lado del servidor.

Si esto es cierto, todo lo que tiene que hacer es copiar el contenido de su aplicación al servidor web.

Si necesita ejecutarse en Internet, debe tener un servidor web como Tomcat instalado en una máquina que esté disponible en Internet. Una vez que copie los archivos en el servidor web, puede acceder desde su navegador dando la URL.

Puede usar Node.js para eso. La base de datos que quieres usar depende totalmente de ti. Ya sea MySQL o Mongo DB o FireBase.