¿Cómo puedo evitar que mi aplicación web se ejecute en los límites de la carpeta?

TLDR; Puede cambiar su sistema de archivos a UFS2. Puede crear una cantidad ilimitada de archivos / carpetas.

Algunos sistemas de archivos antiguos como ext2, UFS no son buenos con mis archivos / carpetas. Se supone que no debe crear más de 5.000 carpetas / archivos. Pero puedes. Con 10.000 archivos / carpetas, su sistema será extremadamente lento mientras busca estas carpetas / archivos.

Hay algunos sistemas de archivos nuevos que funcionan bien con una gran cantidad de archivos, como ReiserFS, XFS, ZFS, UFS2.

Por ejemplo ReiserFs

Max. tamaño de volumen: 16 TiB
Max. tamaño de archivo: 1 EiB (8 TiB en sistemas de 32 bits)
Max. cantidad de archivos: 2 ^ 32 −3 (~ 4 mil millones)

También hay una versión más nueva de ext2, ext3. Es ext4 y soy fanático de ext4.

En ext3 un directorio puede tener como máximo 32,000 subdirectorios. Ext4 permite un número ilimitado de subdirectorios.

Para permitir directorios más grandes y un rendimiento continuo, ext4 activa los índices HTree (una versión especializada de un árbol B) de forma predeterminada. Esta característica se implementa en Linux 2.6.23. En ext3 HTrees se puede usar habilitando la función dir_index.

Pero se supone que su base de código no tiene tantos archivos. Será llamado como un mal diseño.