No está claro si está haciendo esto para aprender cómo funcionan las aplicaciones web, o si está tratando de lograr un objetivo (construir un sitio de comercio electrónico).
Si su necesidad es establecer un escaparate de comercio electrónico, haría bien en usar un producto de escaparate establecido como Shopify y no construir todo desde cero. Esto es similar a ir a Ikea y construir un escritorio a partir de sus partes, en lugar de aprender a trabajar la madera y construir un escritorio con madera. Mucho más fácil de configurar que construir desde cero.
Si desea comprender los protocolos subyacentes que hacen que las aplicaciones web funcionen, puede comenzar leyendo la especificación HTTP, RFC 2616. Pero debe saber que HTTP fue originalmente diseñado para no tener estado. Es un protocolo de solicitud-respuesta, por lo que una vez que se carga una página, se termina la conexión TCP / IP subyacente. Las cookies NO son parte del protocolo como se describe en RFC 2616. Las cookies llegaron más tarde. Se utilizó para informar al servidor que está hablando con el mismo cliente entre diferentes solicitudes de página.
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Pero las cookies no son la única forma en que los servidores web pueden usar para realizar un seguimiento de las sesiones en el cliente. Puede escribir aplicaciones cliente mucho más ricas en Javascript en estos días. Puede mantener un token en su aplicación cliente y enviarlo de manera explícita en su código Javascript cada vez que realice una solicitud al servidor.
Si leer las especificaciones estándar y comprender cómo evolucionaron las aplicaciones web a lo largo de los años, es demasiado para usted. Puede comenzar aprendiendo cómo construir una aplicación web genérica utilizando un marco web. Dependiendo de los lenguajes de programación que use, puede comenzar con Ruby on Rails, Django (Python) o Play (Java / Scala), por nombrar algunos. Crea algunas aplicaciones. Comprende cómo funcionan las cosas.
Me doy cuenta de que no te sugerí ningún libro para que leyeras porque hiciste una pregunta bastante amplia. No se le ocurrió ningún libro que respondiera a su pregunta. Espero que lo que escribí haya ayudado.