Realmente no está proporcionando suficiente información para hablar sobre la optimización de su aplicación o si podría haber cuellos de botella “innecesarios” que podrían eliminarse.
Además, no tengo claro cómo funcionan sus múltiples vServers juntos. ¿Tiene el servidor de la base de datos en uno de ellos y en los otros analizando datos y alimentando actualizaciones a la base de datos? ¿Está replicando la base de datos en los vServers?
Lo que podría sugerir es deshacerse de los vServers y obtener el servidor dedicado más robusto que pueda permitirse con mucha RAM y asegurarse de que los archivos de la base de datos estén en un SSD directamente conectado al servidor.
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En cuanto a agregar índices, pueden mejorar el rendimiento del acceso de lectura en algunas circunstancias, pero ciertamente disminuirán significativamente el rendimiento de escritura. Muchas personas piensan que “agregar índices aumenta el rendimiento”, pero esto está lejos de ser universalmente cierto y, en su caso, los índices podrían ser parte del problema.