La estructura de datos básica y más utilizada para crear índices de búsqueda en todas las formas de datos (no solo sitios web) se denomina Índice invertido. Es un algoritmo muy fácil de implementar en lenguajes dinámicos y se usa para crear herramientas de búsqueda simples.
Puede consultar las instrucciones de implementación de Wikipedia aquí: Índice invertido
Deberá ejecutar el algoritmo en las bases de datos de su sitio y devolver la información como XML o JSON y luego representarla en sus sitios web.
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Aunque puede implementarlo fácilmente, la búsqueda aún no será inteligente y consciente de cómo funciona la búsqueda de Google. Podrías ajustar el algoritmo y, aunque sería divertido como un proyecto de aficionado, nada supera al PageRank de Google.
Google proporciona una herramienta para SEO llamada Google Custom Search Engine y es fácil de implementar tanto en sitios dinámicos como estáticos. Echa un vistazo a los documentos en Google Developers: Introducción. Es de uso gratuito siempre que su sitio no tenga mucho tráfico.
