No hay una respuesta real para esta pregunta, todo depende de lo que quieras hacer.
Flash sigue siendo superior para contenido altamente interactivo, ya que tiene acceso a muchas funciones que actualmente no están disponibles en HTML5, solo por citar algunas de ellas: cámara y micrófono, enchufes, doblador de píxeles (procesamiento rápido de imágenes), procesamiento de audio, video / audio transmisión (la descarga progresiva es diferente a la transmisión), P2P, video con canal alfa, mejor compresión de imagen (especialmente para PNG transparente) … y muchas bibliotecas y herramientas para contenido interactivo complejo (muchas de ellas nativas de Flash Player).
HTML5 probablemente será la mejor opción para la mayoría de los sitios web donde el contenido es lo más importante. Google, Twitter, Wikipedia, Facebook son sitios web HTML y no serían tan buenos como si fueran creados con Flash.
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Flash fue creado para animación y contenido interactivo, mientras que HTML fue creado para presentar documentos académicos. Diferentes propósitos, fortalezas y debilidades. Algunas de las nuevas características de HTMl5 pueden superponerse o acortar la brecha entre las tecnologías, pero eso no significa que una pueda reemplazar completamente a otra.
Otras lecturas:
http://www.bigspaceship.com/blog…
http://blog.millermedeiros.com/2…
http://www.kontain.com/fi/entrie…
PD: no significa que no puedas tener buenos sitios web interactivos / aplicaciones / juegos creados usando HTML.