Hola,
Cuando fuerza la detención de una aplicación, el sistema operativo Android no niega estos permisos a la aplicación (la aplicación todavía tiene estos permisos otorgados): simplemente detiene la aplicación y los servicios en segundo plano, alarmas (si las hay). Una vez que abra la aplicación nuevamente, nuevamente tendrá acceso a todos los permisos.
En cuanto al fondo, esto depende de la aplicación. Si la aplicación tiene un servicio de fondo “siempre en ejecución” que se reinicia, por ejemplo, cada vez que desbloqueas tu teléfono (sí, eso no requiere ningún permiso, pero es posible y los desarrolladores lo usan con mucha frecuencia), entonces una vez que ese fondo el servicio se reinicia, la aplicación tendrá acceso a todos estos permisos que usted otorgó cuando instaló la aplicación.
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Entonces, si se trata de una aplicación como Viber, FB Messanger o CleanMaster, realmente no está haciendo nada al forzar el cierre de estas aplicaciones.
Si desea deshacerse de los permisos, su mejor opción es encontrar la aplicación (desde Configuración -> Aplicaciones) y buscar la sección Permisos (la ubicación varía según el dispositivo) y rechazar los permisos que no desea. El borrado de datos y caché no es un método muy confiable, ya que podría funcionar en algunos dispositivos y no en otros.