El objetivo de las aplicaciones raíz es que tienen acceso para ejecutar algunas funciones / comandos de nivel de administrador que normalmente están ocultos. En términos de Linux, lo llamamos su o superusuario. Este tipo de acceso generalmente está bloqueado en la mayoría de los dispositivos móviles.
Ahora, a su pregunta, se le permitirá instalar una aplicación que requiera acceso de root, pero es posible que no realice su trabajo correctamente porque no tiene acceso para ejecutar comandos que necesita. Es como ir a un edificio y visitar todos los pisos, pero no puede entrar a ninguno porque no tiene acceso ni llaves.
Por otro lado, si tiene acceso a la raíz, puede usar una aplicación como la capa raíz para ocultar su acceso a la raíz. Es decir, aunque tenga acceso de root, oculta esta capacidad de ciertas aplicaciones. La mayoría de las políticas de intercambio corporativo requieren que su teléfono no esté rooteado para configurar el correo electrónico en su teléfono. En tales casos, puede mentirle a su aplicación de correo electrónico usando la capa raíz. La aplicación de correo electrónico cree que no tiene acceso a la raíz, pero en realidad tiene otras aplicaciones en su teléfono que sí tienen acceso a la raíz
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Nota: Root Cloak es un módulo Xposed y funciona eficazmente en Kitkat. No he tenido la oportunidad de probar en Lollipop o Marshmallow.
Espero que ayude.