¿Qué aplicación web sería la mejor opción para ejecutar un ecosistema integrado, algo como StackExchange.com?

Esto realmente no depende de la plataforma de aplicación web que usaría, sino más bien de crear los subdominios DNS correctos y apuntarlos a la IP del servidor (al principio, luego los equilibradores de carga) y la configuración del servidor web (redireccionamientos).

Para el servidor web, recomiendo nginx, y para compilar las aplicaciones, Meteor.

Con nginx, puedes tener

servidor {
nombre_servidor math.example.com;

ubicación / {
raíz / ruta / a / su / aplicación;
index index.html;
}

ubicación / cálculo {
proxy_pass http: // localhost: 3083; # otra aplicación
proxy_set_header X-Real-IP $ remote_addr;
}
}

servidor {
nombre_servidor quimica.ejemplo.com; # alojado en la misma máquina, pero solo escucha las conexiones realizadas a “chemistry.example.com” en los encabezados HTTP

}