Si ya sabe cómo desea separarlo, como dijo, desea separar las rutas, los controladores y las consultas de la base de datos, entonces ya está a mitad de camino.
Todo lo que necesita hacer ahora es separar las funciones en los módulos adecuados para que pueda importarlas por separado. Por ejemplo, mire esta aplicación de chat que estoy haciendo actualmente en node.js: techpool / nomo_chat
Tiene todas las funciones separadas en diferentes módulos y carpetas para que cada vez que necesite importarlas importe los archivos y la carpeta adecuados en el módulo que estoy creando actualmente.
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No solo estos también traen algunas convenciones a su código, como hacer que las variables globales comiencen con mayúsculas y sigan camelCase o under_score_practise. Pero no los use juntos para nombrar sus variables.
Incluso puede echar un vistazo a esto: https://www.terlici.com/2014/08/… que puede ayudarlo a aprender brevemente sobre cómo estructurar su nodo y la aplicación express.
Espero eso ayude.