Al principio, pensé que probablemente era una instancia de mensajería de nube a dispositivo de Android, pero no puede serlo: WhatsApp no declara los permisos necesarios y funciona en Eclair (Android 2.1), mientras que la mensajería de nube a dispositivo ( y su reemplazo, Google Cloud Messaging) requieren al menos Froyo (Android 2.2).
Sin embargo, lo más probable es que sea algún tipo de servicio de notificación push. Es imposible decir exactamente cómo se implementa sin acceso al código fuente de WhatsApp.
Sin embargo, la parte sobre la posibilidad de recibir mensajes cuando no está en uso es relativamente fácil de explicar. Es casi seguro que la aplicación tiene un servicio que se ejecuta en segundo plano para registrarse periódicamente con el servidor (o recibir el envío del servidor, o lo que sea que haga). Cuando recibe un mensaje, el servicio muestra una notificación.
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