APK : Android Package Manager, también conocido como APK es una colección de diferentes archivos (como código fuente, imágenes e iconos, audio, video, etc.) compilados y agrupados en un solo archivo para fines de distribución e instalación.
Aplicación : una aplicación (o, en definitiva, una aplicación) es un mini software desarrollado específicamente para dispositivos móviles y tabletas (supongo que solo hay aplicaciones móviles aquí).
Los APks son una versión compilada de todos los archivos mencionados anteriormente para fines de distribución. Todos están firmados por una clave específica y un nombre de paquete (por un programador) que no puede ser utilizado por otro APK. Existen diferentes tipos de APK, un APK de Android es diferente de un APK de iOS. No puede instalar un APK de Android en un dispositivo con iOS y viceversa.
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Cuando instalamos un archivo APK en nuestro teléfono móvil, su instalador descompila ese archivo APK y desempaqueta todos los archivos dentro de él para usarlo como una APLICACIÓN.
Las aplicaciones móviles se desarrollaron inicialmente como un sustituto del software a gran escala que se ejecuta en los dispositivos móviles y tabletas, por ejemplo, un software y una aplicación Adobe Photoshop. Su software está a escala completa. Contiene numerosas funciones para crear y / o editar imágenes, mientras que su aplicación viene con algunas funciones simples para editar imágenes sobre la marcha.
Las aplicaciones móviles se centran en ciertas tareas que podrían realizarse dentro de las limitaciones del espacio de trabajo limitado (pantalla) y la potencia de la CPU (aunque hoy en día los teléfonos móviles vienen con más RAM que nuestras PC: P).
Espero que mi respuesta haya ayudado a entender la diferencia entre un archivo APK y un archivo de aplicación.