Javascript (JS): un lenguaje completo, utilizado principalmente en el navegador para dinamizar el contenido estático. También se usa mucho en el lado del servidor en NodeJS y otros corredores de tareas construidos en Node, por ejemplo, trago, gruñido, etc.
jQuery: se utiliza principalmente como una biblioteca del lado del cliente, que se basa en JS, para abordar el funcionamiento del navegador cruzado utilizando una interfaz común.
Lo anterior era solo teoría. Para ver jQuery en acción, tendrá que intentar crear una página y agregar algún detector de eventos, mostrar alguna animación, etc. Si haría lo mismo en JS puro, tomará algún tiempo escribir código cruzado del navegador, ( Sin embargo, la mayoría de los navegadores están actualizados y compartirían la misma API) y algo más de esfuerzo para escribir código simple de animación que sería engorroso. Lo mismo en jQuery difícilmente sería alrededor de 10-20 líneas de código.
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El veredicto final: use jQuery donde sea necesario (escriba menos y haga más)