Kotlin compila a JVM y Javascript:
Kotlin a JavaScript – Lenguaje de programación Kotlin
Entonces esa podría ser la mejor manera de hacerlo.
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Aunque también debería considerar reescribir la versión de Javascript a mano: el cifrado suele requerir un alto rendimiento y Javascript es lo suficientemente perverso como para requerir un ajuste manual para obtener un rendimiento aceptable.
Siempre apesta tener que mantener dos bases de código. Es propenso a errores y consume mucho tiempo. Pero para algo como esto, el esfuerzo puede valer la pena.
Otra ventaja menor: querrás ejecutar las mismas pruebas en ambos. Y para algo tan importante como esto, será ingenioso poder verificar los resultados. Es el doble de trabajo, pero esto es algo sobre lo que debes estar absolutamente absolutamente seguro, y las implementaciones independientes tienen una buena manera de detectar errores.