En primer lugar, mantengo todos mis proyectos en Git para poder seguir fácilmente mis cambios con el tiempo. Ponerlos en Github ayuda a visualizar, buscar y hacer referencia al código cuando sea necesario. También significa que configurar una nueva computadora es muy fácil: solo clone los proyectos que necesita y estará listo para comenzar.
En cuanto a dónde en mi computadora pongo los repositorios de Git, uso el directorio / opt. No hay una buena razón para elegir / optar. A menudo no se usa (especialmente en macOS), está presente en la mayoría de los sistemas y es fácil de escribir.
Me parece que mantener archivos importantes en mi directorio de usuarios puede ser complicado, ya que mucha basura termina ahí. Poner los archivos en un directorio en mi directorio de usuarios parece un paso adicional y hace que escribir la ruta completa sea más propenso a errores tipográficos.
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Un simple /opt/my-project
en el cuadro de diálogo ⌘ + ⇧ + G en macOS Finder es breve, agradable y fácil.