Realmente depende de sus necesidades específicas, pero casi siempre diría que la aplicación web por dos razones.
Primero , se puede acceder a las aplicaciones web en todos los dispositivos, por lo que puede tener la misma aplicación trabajando en una computadora, un dispositivo Android e IOS. Si opta por nativa, necesitaría tener tres aplicaciones diferentes: una para móviles / tabletas con Android, una para iPhone / iPad y otra para computadoras. Lo que hace que la elección nativa sea mucho más costosa.
En segundo lugar , la web ha avanzado significativamente, por lo que ahora tiene características que eran exclusivas de los nativos hasta hace poco, disponibles también para la web. Eso significa que ahora puede acceder a la cámara a través de la web, enviar notificaciones push y usar la aplicación sin conexión. Las aplicaciones que adoptan esas características se denominan aplicaciones web progresivas. Todavía no son totalmente compatibles con los iPhone, pero hay algunas indicaciones de que cambiará pronto.
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Iría con una aplicación web y la mejoraría con el tiempo para que pueda usarse sin problemas como si fuera nativa.