Usted no puede hacer eso.
JavaScript se ejecuta en el lado del cliente y su alcance no le permite modificar ningún archivo directamente.
usando su código de servidor puede hacerlo, pero usando solo JS no es posible.
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Con la tecnología AJAX (google it) puede recuperar datos del archivo, pero también requiere un servidor.
Si desea almacenar un tema en particular seleccionado por el usuario, puede hacerlo utilizando cookies con JS (google it).
las cookies se almacenarán del lado del cliente y cuando el usuario visite el sitio, puede recuperar el valor del archivo de cookies.
También puede almacenar las opciones del usuario en sesión o en su base de datos para que cuando el usuario vuelva a visitar su sitio web, simplemente pueda recuperar datos de la base de datos sobre ese usuario en particular.
Espero eso ayude.