Respuesta simple: depende de sus requisitos.
En general, las plataformas cruzadas usan páginas HTML con JS, que se incluye en una aplicación nativa simple que usa un componente WebView. Cuando ejecuta esta aplicación en iPhone / Android / Windows, este HTML se presenta con el aspecto nativo, que se parece mucho a una aplicación nativa.
Si necesita una aplicación rápida desarrollada que solo entregue algunos datos de Internet y los presente en una interfaz, puede usar Cross-Platform.
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Si realmente necesita buenos poderes de procesamiento, más redes, debería ser nativo. Por ejemplo, puede crear aplicaciones similares a Twitter / Facebook / 2048 / Quora en multiplataforma, pero debe volverse nativo si planea una aplicación similar a Instagram / Temple Run / Google Maps Navigation / Music Player.
Hoy en día, estas bibliotecas multiplataforma vienen con bibliotecas avanzadas que ayudan a acceder al hardware como GPS, acelerómetro, cámara, etc.
Para concluir: si tu aplicación necesita un buen poder de procesamiento, entonces vuélvete nativo. Si solo se trata de una simple visualización y publicación de datos, vaya multiplataforma.