¿Cómo los grandes portales como Flipkart, Zomato mantienen su base de datos con el sitio web y la aplicación móvil?

Lo hacen manteniendo su front-end completamente independiente de su back-end.

Para explicar en detalle ->
el back-end es el código del lado del servidor y el front-end es el código del lado del cliente (como HTML, Javascript, Android), etc.
Tienen un conjunto de API (las API no son más que un conjunto de bibliotecas de códigos a las que puede acceder fácilmente enviando solicitudes GET o POST junto con los parámetros requeridos) que interactúan con su base de datos central y proporcionan a las personas los datos que necesitan. Esta base de datos es la misma tanto para el sitio web como para la aplicación, y las API también son iguales con poca o ninguna diferencia para las versiones web y móviles. Las mismas API se invocan siempre que sea necesario desde el navegador o el dispositivo móvil mediante solicitudes GET o POST y, por lo tanto, no tienen que mantener una base de datos separada para ambas.