Hay muy pocas tecnologías que deberían evitarse por completo. Veo tres razones principales para esto.
Primero, y quizás lo más importante, es que muy pocas tecnologías (especialmente las convencionales) son intrínsecamente malas , y concebirlas y etiquetarlas como tales lo obstaculizará como arquitecto. Lo que es mucho más útil es comprender los pros y los contras de una tecnología determinada (especialmente las convencionales). ¿Cuándo sería la tecnología X una buena opción? ¿Cuáles son las limitaciones o áreas problemáticas para implementarlo? Esos son los tipos de preguntas que hacen los arquitectos maduros.
El segundo es que la mayoría de las tecnologías cumplieron un propósito en su tiempo. Al tener en cuenta toda la historia y el contexto, podemos llegar a apreciar el papel que ha desempeñado una tecnología determinada no solo en el pasado, sino también en informar el presente. Además, es posible que en algún momento se le solicite que realice tareas de mantenimiento en algún sistema de este tipo, por lo que descartarlo con anticipación puede obstaculizarlo.
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El tercero es que la mayoría de las herramientas convencionales sirven muy bien ciertos casos de uso. Por ejemplo, quizás necesite una forma rápida y fácil de crear un prototipo de una interacción AJAX: hay pocas herramientas más fáciles de implementar que jQuery para eso. O supongamos que es un desarrollador que está creando su propia pequeña aplicación: Bootstrap puede ser una buena forma de no tener que preocuparse por el diseño (o incluso por mucho CSS). O tal vez su equipo es muy competente en una tecnología dada, incluso si prefiere otra, ¿vale la pena el cambio?
Ahora todo lo dicho, para las tecnologías en cuestión, creo que todo depende de su proceso, su diseño, su entorno, sus herramientas y la antigüedad de su equipo. Algunas grandes bibliotecas y frameworks tienen jQuery como dependencia, por ejemplo. Entonces, ¿va a descartarlos porque jQuery puede ser mal utilizado? Por otro lado, para aplicaciones grandes, complejas y personalizadas, mi perspectiva es que, en muchos casos, Bootstrap a menudo se interpondrá en el camino más de lo que ayuda, ya que sobrescribirá lo que intenta hacer con más frecuencia que usarlo fuera de la caja (pero para los puntos anteriores, ese no sería el caso si su diseñador estuviera diseñando con Bootstrap y Bootstrap en mente).
Espero que ayude. Mis disculpas si crecí un poco demasiado filosófico allí.