¿Cómo puedo diseñar el backend para un sitio web y una aplicación usando Java (especialmente con el framework Spring)?

Tal vez sería útil pensarlo de esta manera: sus aplicaciones móviles serán un cliente de algún servicio web que usted definirá. Su servicio web podría ser SOAP o REST / JSON, Spring tiene instalaciones para cualquiera de estos. Pero desarrollará una API que será utilizada por sus clientes móviles. Una vez que tenga esa API, cree una aplicación Spring MVC que también sea un cliente de su API . No necesariamente necesitará realizar una solicitud HTTP interna allí, solo ejecute sus métodos de servicio de fondo en la misma solicitud de página web. Es muy probable que desee que su página web tenga algunas características de cliente enriquecidas; entonces llamas a tu API desde JavaScript. La forma extrema de hacer esto es escribir una aplicación cliente completamente en JavaScript, algo así como una versión js de sus aplicaciones móviles.
Entonces, ¿cómo diseñas el servidor para web y la aplicación al mismo tiempo? Piense API. Obtenga esa API absolutamente correcta. Luego, escriba su cliente HTML usando la misma API que usan los clientes móviles.