No estoy seguro acerca de su aplicación en particular y también soy bastante nuevo en el desarrollo de aplicaciones web de Python (solo he hecho un puñado de servicios de back-end para aplicaciones móviles por igual), así que tenga en cuenta.
Si sus herramientas de análisis estadístico ya son utilizables y están en su propia organización, creo que Flask podría ser una mejor opción.
Django es poderoso para construir “sitios” o algo similar a un CMS, que tiene usuarios, roles, objetos y relaciones entre todos esos. Es ideal para problemas modelados de manera similar, pero si solo desea crear una interfaz con control de usuario para acceder a algunos de sus propios datos, Flask sería mucho más fácil. Comienza definiendo sus rutas, define sus plantillas, luego agrega la autenticación de usuario (a través de los complementos de Flask) y ya casi está allí.
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Si necesita jerarquías de usuario complejas, controles de permisos, interfaz de administración de backend, etc., es posible que tenga más suerte con Django. También podría agregar complementos de Flask y terminar con algo similar a lo que Django tiene listo para usar.