Arquitectónicamente, no hay grandes diferencias de seguridad entre las dos plataformas. Ambos imponen un sandbox de ejecución. Ambos brindan soporte para la firma de código. Las dos plataformas son aproximadamente más o menos seguras.
Dado que el tiempo de ejecución de .NET tiene características adicionales para admitir la compilación de lenguajes no confiables como C, los módulos que usan estas características no se cargarán en un entorno confiable [a menos que sea explícitamente confiable].
De hecho, Microsoft Research incluso construyó un sistema operativo que dependía del CLR para las aplicaciones de sandbox. Evitaron el aislamiento de procesos en diferentes espacios de direcciones ya que ya no era necesario. A cambio, habían reducido significativamente los costos de comunicación entre procesos [mediante el uso de un montón compartido globalmente].
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Singularidad (sistema operativo) – Wikipedia