¿Es válido en bootstrap tener una como columna o el elemento del encabezado debe estar dentro de una ?

Válido en bootstrap? Realmente no importa porque, básicamente, bootstrap es solo un grupo de clases, podría dar un span la clase de col-2 luego comienza a comportarse de acuerdo con la declaración css de esa clase, pero volviendo a la pregunta, la etiqueta < header > actúa principalmente como un contenedor para la etiqueta de encabezados ( < h1 >< h6 > ) y dado que la mayoría de los navegadores reconocerán un elemento de encabezado como un elemento de bloque, es casi equivalente a un < div> de una manera pero más semánticamente correcto cuando se usa con un etiqueta de encabezados Pero como esta es una columna, tendrá más sentido usar un < div > porque básicamente un < div > es solo una caja, no representa nada inherentemente, solo se usa para agrupar elementos.

TL, DR

La etiqueta < header > debe estar dentro de una etiqueta < div > y la etiqueta de encabezados (si la hay) debe estar dentro de la etiqueta < header > .

Sí lo es. Puede usar las clases Bootstrap en cualquier elemento HTML, p. Ej.