Si bien es cierto que Bitbucket y Github usan diferentes sistemas subyacentes, creo que esa es la diferencia menos interesante entre ellos.
Los dos servicios tienen estructuras de facturación muy diferentes, por ejemplo: cargos de GH por repositorio privado, cargos de BB por colaborador privado.
Además, sus funciones de seguimiento de problemas, wiki, visor de historial y colaboración funcionan de manera bastante diferente. En este punto en mayo de 2011, los Github son un poco más maduros, pero Bitbucket ha estado haciendo muchas mejoras en el sitio desde que Atlassian los compró.
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(Aparte: en última instancia, creo que la integración de Bitbucket en JIRA será enorme tanto para Bitbucket como para Atlassian, y algo en ese sentido es probablemente la razón por la que lo compraron en primer lugar).
Entonces, sí, no solo compares BB y GH basados en git vs hg, honestamente son sistemas muy, muy similares (aunque git es una OMI un poco más crujiente). Compare lo que los sitios realmente aportan: planes de facturación, seguimiento de problemas, wiki, funciones de colaboración, etc.