¿Cómo puede el lenguaje de script llamar a la biblioteca binaria dinámica nativa?

Si su pregunta es sobre “javascript incrustado en una página html”, la respuesta es que no, no hay una forma directa de llamar a API, no hay ningún problema técnico real para hacerlo, pero esto es por razones de seguridad. Imaginar cualquier javascript podría acceder a su disco duro, copiar o eliminar archivos o leer sus correos? Es por eso que los scripts se ejecutan en “sandbox”: solo tienen acceso a un conjunto de funciones ofrecidas por el navegador que se consideran seguras.
Ahora hay casos específicos, con herramientas como phonegap, su aplicación no se ejecuta desde el navegador web de su teléfono, sino que incrusta “su propio” motor de JavaScript con su aplicación y puede agregar a las funciones js del “motor de JavaScript incorporado” que codifica en la API nativa por ejemplo, esto es seguro porque el motor js incorporado solo ejecuta javascript que escribió para su propia aplicación.