Práctica.
Practica mucho. Comprende bien los conceptos básicos. Una y otra vez, las personas experimentadas vuelven a lo básico para comprender mejor los lenguajes y técnicas de programación.
Es importante aprender en profundidad que en amplitud. La gente siempre elegirá un especialista sobre un generalista. Aprenda de excelentes ejemplos, emúlelos, cópielos, utilícelos, contribuya a ellos.
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Para empezar, aprende el curso jquery en codecademy. A partir de ese conocimiento, intente implementar en sus proyectos. Mejora y optimiza tu código. Use herramientas que automaticen su proceso.
Lee libros en tu lenguaje de programación favorito. Esta es, con mucho, la forma más efectiva y rápida de aprender a programar.
Bootstrap es solo un marco CSS. Simplemente podría acelerar su tiempo de desarrollo. Obtendrá más conocimiento si pudiera codificar en CSS simple, luego migrar a un preprocesador CSS como LESS o SCSS.
Bootstrap no es el único marco que existe. Foundation framework, Gumby, UIkit, etc. y muchos frameworks más potentes están disponibles. Aprenda los conceptos básicos primero, luego aprenda el marco correcto que facilitará su proceso.
Los mejores deseos.