En un mundo perfecto, trataría de mantenerlo lo más común posible en todos los ámbitos para facilitar la administración.
Habiendo dicho eso, no creo que suceda con demasiada frecuencia. Al menos no por lo que he visto.
Para la aplicación web tienes al menos un desarrollador principal. Es casi un área puramente técnica. Tal vez sea Rails o Python o lo que tenga sentido para el equipo de desarrollo.
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Sin embargo, el sitio web que tiene su blog y tal es realmente una función de marketing. Está manejando comunicaciones entrantes y salientes y, con suerte, invitando a clientes potenciales a aprender más sobre su producto o servicio.
Si bien existe un crossover, el sitio web sirve generalmente para crear conversiones a los usuarios / suscriptores de su producto, la aplicación web en este caso. Generalmente son manejados por diferentes equipos o personas. Lo que podría considerarse fácil de usar para un desarrollador experimentado podría ser incomprensible para un gerente de marketing. Por lo tanto, debe pegar el sitio web en un CMS fácil de algún tipo para los especialistas en marketing y dejar que los Desarrolladores hagan lo que mejor saben hacer, pasar por alto el código de escritura y hacer que la aplicación sea lo mejor posible. Ahora ambos equipos se encuentran en entornos en los que se sienten cómodos.
En cuanto a la integración entre los dos, aquí es donde entra en juego una API. Su desarrollador puede crear enlaces donde es posible extraer datos e incluso autenticar inicios de sesión para el inicio de sesión único. Hay toneladas que puedes hacer con una API bien pensada.