Igual que las aplicaciones desarrolladas con Java “nativo”. Esencialmente ninguno, la calidad de su aplicación dependerá del desarrollador. En los últimos años, el hardware del teléfono ha mejorado, los componentes principales del navegador mejoraron y los estándares HTML se han adherido más. Podría decirse que podría producir una mejor interfaz de usuario con Phonegap. La mayoría de las aplicaciones móviles no tienen mucha lógica empresarial, por lo que no notarás ninguna diferencia de rendimiento de esa manera. Y, al final del día, cualquier cosa que no funcione en el lado de la web puede ser transferida a nativa con bastante facilidad.
Una cosa que me gusta de Phonegap es que los desarrolladores web son (ligeramente) más fáciles de encontrar que los desarrolladores móviles nativos, y un buen diseñador puede incluso hacer gran parte del trabajo. Para la empresa que produce la aplicación, esto ayuda a reducir el costo y acortar un poco la línea de tiempo. Eso se suma a los beneficios multiplataforma. Si usa cosas como las transiciones CSS correctamente, su IU se verá al menos tan buena como la nativa.
Hace unos años no hubiera recomendado esta ruta, pero en los últimos 3 años al menos, los dispositivos se han vuelto muy capaces de mostrar en la web. Y no encuentra demasiados dispositivos más antiguos que eso: si todavía funcionan, la batería tendrá una buena toma, y relativamente pocos dispositivos tienen baterías prácticamente reemplazables.
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La única advertencia es que cualquier desarrollador decente a medias no necesita realmente Phonegap. Decir que el marco es ligero es un eufemismo. Principalmente es para desarrolladores que tienen poca o ninguna experiencia en programación de Android. Usaré Phonegap si tengo un cliente que realmente lo quiere, pero el puente a nativo que proporciona es tan trivial, es tan fácil si codifico sin él y solo agrego los pocos bits que necesito.