¿Qué software se usa para los juegos de píxeles?

Para hacer los juegos?
casi cualquier motor maneja sprites 2D … como aficionado, personalmente uso GameMaker Pro, pero incluso Unity o Unreal Engine pueden hacer juegos 2D.
por ejemplo, este juego (Odallus the Dark Call) lanzado en 2015 y se hizo en ClickTeam Fusion :

¿Por hacer el arte?
Cualquier cosa desde Photoshop, Gimp, Pyxel Edit, Aseprite, Graphics Gale, Piskel App, etc.

Por ejemplo, hice esto en Photoshop:

El siguiente en Aseprite:

y este en mi teléfono inteligente en una aplicación

Entonces, sí, el arte se puede hacer en cualquier cosa que permita la edición a nivel de píxeles. La elección del artista en este punto.

Por “juegos de píxeles” creo que te refieres a los juegos retro de 8 bits. Bueno, puedes usar cualquier motor de juego como Unity, Unreal, etc. para construir este tipo de juegos. El único requisito es que tus sprites sean de 8 bits como sprites. Para hacer esto, puede usar cualquier software de manipulación de imágenes ráster como Gimp o incluso vectores como Adobe Illustrator y luego exportar como imágenes PNG.

Espero que esto responda a su pregunta.

Tu motor de juego preferido y Aseprite del gran David Capello.