Java es el lenguaje principal, Android no.
Si bien la mayoría de las aplicaciones de Android están escritas en lenguaje similar a Java, existen algunas diferencias entre Java API y la API de Android, y Android no ejecuta el código de bytes de Java por una máquina virtual Java tradicional (JVM), sino por una máquina virtual Dalvik en versiones anteriores de Android y un Android Runtime (ART)
Java es uno de los lenguajes de programación orientados a objetos más populares del mundo. Java se usa mucho para software y desarrollo web. Recientemente, Java se ha convertido en un lenguaje popular para aplicaciones basadas en dispositivos móviles también. Android es una plataforma para teléfonos móviles desarrollada por Google. El desarrollo de Android se basa la mayoría de las veces en Java. Gran parte de las bibliotecas Java están disponibles en la plataforma Android, pero también existen muchas otras bibliotecas (no Java) en Android (para interfaces de usuario, etc.).
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Java es un lenguaje de programación, mientras que Android es una plataforma de telefonía móvil. El desarrollo de Android está basado en Java (la mayoría de las veces), porque una gran parte de las bibliotecas de Java son compatibles con Android. Sin embargo, hay diferencias clave. A diferencia de Java, las aplicaciones de Android no tienen una función principal. Tienen funciones onCrete, onResume, onPause y onDestroy que los desarrolladores deben sobrescribir. El código Java se compila en el código de bytes de Java , mientras que el código de Android se compila en el código de operación Davilk.
Pero te sugiero que vayas por el desarrollo de Android, ya que es la tecnología emergente. Obtendrá una buena exposición en Android en lugar de JEE.