No.
Un sitio web está construido con HTML, CSS, Javascript, etc. Algunas aplicaciones son sitios web encubiertos formateados para caber en una pantalla móvil y con el código de aplicación nativo suficiente para iniciar una ventana del navegador web.
Pero una aplicación nativa real está escrita en un lenguaje como Objective C o Swift (para iOS) o Java o C (para Android) y compilada en lenguaje máquina. O, en el caso de Java, un lenguaje de máquina virtual que es interpretado por un pequeño programa llamado JVM o Java Virtual Machine. Las aplicaciones nativas se usan para aplicaciones más grandes y complejas. Algunas aplicaciones (como la aplicación American Airline) pueden ser aplicaciones híbridas que tienen un código nativo y algunas páginas web.
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Hay algunos otros sistemas híbridos que usarán Javascript y lo traducirán a Java u Objective C, luego lo compilarán. Esto es bueno para aquellos que solo conocen JS, pero es menos efectivo y menos capaz que simplemente escribir aplicaciones nativas.
Las aplicaciones pueden acceder a los servidores y muchos lo hacen, algunos de esos servidores también sirven sitios web en la web. Algunas aplicaciones se ejecutan localmente solo en el teléfono y no acceden a los servidores, pero esto es menos común. Las aplicaciones de temporizador y reloj podrían ser un simple ejemplo de esto.