MeteorJS y Phonegap son 2 cosas diferentes.
MeteorJS es una especie de marco Javascript, y más: imagínese si AngularJS y NodeJS estuvieran emparejados, con MongoDB como back-end. El video introductorio en el MeteorJS es la mejor explicación posible, por lo que no entraré en detalles, pero debo decir que es un poco revolucionario y, quizás, lo más novedoso en el desarrollo web / multiplataforma. Entonces, sí, puede usar MeteorJS para crear una aplicación (una aplicación web).
Phonegap es un marco de desarrollo de aplicaciones móviles que, para ponerlo en términos muy rudimentarios, convierte una aplicación web HTML5 simple en una aplicación móvil multiplataforma con características similares a las aplicaciones nativas. Entonces, por ejemplo, si desea que su aplicación MeteorJS funcione en plataformas móviles (iOS, Android, WP, etc.) debería usar Phonegap.
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Ahora, si interpreto su pregunta correctamente, si desea crear una aplicación móvil, debería usar ambas. Sin embargo, las aplicaciones MeteorJS actualmente solo se ejecutan en sus propias plataformas (no puede alojarlas en otro lugar, aunque creo que hay algún avance en esto: verifique los documentos de MeteorJS) y también verifique los documentos para obtener información sobre MeteorJS como una aplicación móvil multiplataforma mediante el uso Phonegap. Sin embargo, puede usar MeteorJS para crear una aplicación web (pero, de nuevo, buscar alojamiento en la aplicación. Eso es complicado).