Esta pregunta es bastante vaga y está abierta a una considerable cantidad de debate. Un programador talentoso considerará las ventajas de ambas formas. Considere estos tres factores:
En términos generales, una GUI hace que las cosas sean más fáciles de usar más adelante, pero implica un mayor compromiso en el ciclo de desarrollo inicial, ya que la interfaz de usuario también debe realizarse y depurarse.
También depende del entorno de uso. Si se trata de una aplicación del lado del servidor, por ejemplo, una GUI no es práctica y probablemente sea imposible. En general, los usuarios de Windows prefieren usar una GUI debido a la naturaleza poco intuitiva de las herramientas de línea de comandos de Windows, pero muchos usuarios de * nix preferirán la CLI, ya que generalmente se traduce en un tiempo de desarrollo más rápido.
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Por último, también depende de la aplicación. Por ejemplo, algunas cosas son naturalmente más adecuadas para una forma u otra. En términos generales, los programas que se escriben con el propósito de una operación repetitiva (o lote) se escriben en la CLI, ya que no requieren la intervención humana. Sin embargo, si la aplicación tiene que lidiar con mucha interacción humana en cada aplicación, una GUI podría ser más adecuada.