Seguro que puede. Y dado que está desarrollando el cliente utilizando tecnologías JavaScript, el empleo de Node mantendrá la pila completa consistente.
Asumiendo que es una API REST que desea, una forma común de construirla es usar el marco Express para estructura y Mongoose para interactuar con MongoDB. Express es realmente básico, y aunque contiene suficiente funcionalidad para implementar un servicio web por sí solo, hay una serie de extensiones integradas para llegar más rápido: Feathers es algo que probablemente querrás usar, y hay cosas interesantes en marcha en el proyecto Kraken de PayPal también.
No necesitas tener JavaScript o MongoDB en el servidor, ten en cuenta. Solo usa lo que te resulte cómodo o lo que quieras aprender a hacer. Prácticamente todos los idiomas principales del mercado pueden implementar una API de servicio web para su aplicación; la mayoría incluso tiene más de un marco para ayudarlo a construirlo.
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