Usa Python en Linux y matarás dos pájaros de un tiro.
Como comentario aparte, recientemente volví a escribir código en Python después de una pausa considerablemente larga. Solía escribir una gran cantidad de código bioinformático en R y PERL (y también en varios otros idiomas), pero a medida que crecíamos en personas menos experimentadas que estaban menos familiarizadas con ellas, por su bien, decidí pasar a codificar más en Python (que tiene un fuerte seguimiento). He desarrollado una relación de amor y odio con el lenguaje.
Python ha demostrado ser MUCHO más legible que PERL, pero se ve obstaculizado por cambios extraños en la sintaxis y la funcionalidad entre versiones, y es más detallado. Los módulos de Python tampoco suelen tener el mismo nivel de madurez y hay muchos más específicos de plataforma.
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Tenga en cuenta que hay varias versiones de Python en uso y que cada revisión modifica las bibliotecas principales y, a veces, la sintaxis. Aprender a lidiar con las idiosincrasias de las diferentes versiones es parte del desafío. Además, Python 3 ha existido durante aproximadamente 3.5 años, pero, a pesar de eso, todos los codificadores ávidos de Python que conozco todavía usan 2.7.