¿Qué software puede proteger un pen drive de un virus?

Cualquier software antivirus en una computadora protegerá una unidad externa de contraer o entregar un virus, siempre que esté configurado correctamente.

Sin embargo, no todas las computadoras tienen un antivirus instalado. En ese caso, es muy posible que se entregue un virus a una unidad de salto cuando se inserta o cuando se copia un archivo infectado.

En este caso, necesitaría un antivirus que residiera en el jumpdrive. El problema con esto es que el antivirus no se está ejecutando en el momento en que inserta la unidad. Debe iniciarse, y el virus probablemente ya se habrá copiado en el disco en ese momento.

Hay algunos programas antivirus portátiles que se pueden ejecutar desde el jumpdrive. Debería ejecutarlos tan pronto como inserte la unidad, luego escanee la unidad inmediatamente para detectar cualquier virus que pueda haberse copiado.

ClamWin es un antivirus de código abierto y puede escanear cualquier unidad una vez insertada. No es el mejor antivirus, pero probablemente sea el único AV verdadero que se ejecutará desde una unidad de salto. El siguiente enlace es para el sitio web de Portable Apps, que también alberga una utilidad jumpdrive. Puede instalar cualquiera de los programas de aplicaciones portátiles simplemente ejecutando el ejecutable, que expande los archivos a la ubicación deseada.

ClamWin Portable | PortableApps.com – Software portátil para unidades USB, portátiles y en la nube

Bit defensor.
Inmunizará su unidad flash contra la infección de ejecución automática al crear una carpeta autorun.inf (indelectable) en su unidad para que el archivo inf no se pueda crear.

Puede hacerlo usted mismo creando una carpeta llamada autorun.inf, abriendo un editor hexadecimal de disco y agregando un 0x40 (bit de unidad) después del nombre de la carpeta.

Tengo este método en algún lugar de greyhathacker.com

Cualquier antivirus de tu elección.

Lo más importante es evitar que autorun.inf se ejecute automáticamente cuando conecte un pendrive, ya que puede contener y ejecutar código malicioso.
Cómo evitar que una unidad USB ejecute cualquier cosa automáticamente en Windows